Με την επιστροφή της στην Ελλάδα έκανε υπηρεσία υπαίθρου (αγροτικό) στο Περιφερειακό Ιατρείο Τρικερίου, στο Κέντρο Υγείας Αργαλαστής του νομού Μαγνησίας (1997-1998). Ένα χρόνο αργότερα ξεκίνησε την ειδικότητά της στη Γενική Χειρουργική στη Χειρουργική Κλινική του Γ.Π.Ν.Α. «Σισμανόγλειο» (1999-2000).

Η μαιευτήρας-χειρουργός γυναικολόγος Σοφία Καλογήρου εργάστηκε ως ειδικευόμενη μαιευτήρας-χειρουργός γυναικολόγος στην Α΄Μ/Γ κλινική του Γ.Π.Ν.-Μ. «Έλενα Βενιζέλου» (2000-2004). Το 2004 πήρε και τον τίτλο ειδικότητας Μαιευτικής-Γυναικολογίας.

Στο μεσοδιάστημα έκανε μετεκπαίδευση στο Πανεπιστήμιο του Μπάρι της Ιταλίας στην Υστεροσκόπηση και Υστεροσκόπηση εξωτερικού ιατρείου και στη Γυναικολογική Ενδοσκόπηση υπό τη διεύθυνση του καθηγητή Stefano Bettocchi (2002 και 2004), ενός από τους καλύτερους ενδοσκόπους διεθνώς. Αυτή της η εξειδίκευση την ώθησε να οργανώσει και να στήσει το 2002, το Εξωτερικό ιατρείο Υστεροσκόπησης του Νοσοκομείου «Έλενα Βενιζέλου», υπό τη διεύθυνση του Παναγιώτη Σκολαρίκου. Το ιατρείο αυτό ήταν κάτι πρωτοποριακό τόσο για την εποχή του όσο και για τα ελληνικά δεδομένα. Επίσης το 2003 η μαιευτήρας-χειρουργός γυναικολόγος Σοφία Καλογήρου ήταν ενεργό μέλος της οργανωτικής επιτροπής του σεμιναρίου για την Υστεροσκόπηση Εξωτερικού Ιατρείου με live χειρουργείο από τον καθηγητή Stefano Bettocchi.

Η Σοφία Καλογήρου μιλάει Ιταλικά, Αγγλικά και Γαλλικά. Είναι παντρεμένη και έχει δύο παιδιά.

Τέλος, από το 2005 έως σήμερα η Σοφία Καλογήρου είναι υπεύθυνη ειδικευμένη μαιευτήρας-χειρουργός γυναικολόγος, συνεργάτης του Μαιευτηρίου Μητέρα, του Λητώ και της κλινικής Λευκός Σταυρός Αθηνών.

Παράλληλα διατηρεί ιδιωτικό ιατρείο στην Λ. Πεντέλης 12-14, Χαλάνδρι Αττικής.